La composizione di batteri che vivono nell’intestino umano è un qualcosa di unico, differente per ciascun individuo. Si stima che nell’intestino di un uomo adulto vi sia circa 1,5 kg di microrganismi, principalmente batteri, che si combinano nell’intestino di ciascuna persona in modo del tutto particolare, per cui non esistono due individui che ospitano lo stesso identico mix di microrganismi.

Questi microrganismi supportano molti processi fondamentali per la vita, come l’assorbimento di varie sostanze nutritive, la produzione di alcune vitamine ed il sistema immunitario. La flora batterica intestinale è dunque essenziale per la funzionalità dell’organismo umano.

I microrganismi che costituiscono la flora batterica intestinale non sono innati nell’uomo. Alla nascita, infatti, l’intestino è sterile. Entro pochi minuti dal parto, però, ha inizio la colonizzazione da parte dei germi presenti sia nella madre che nell’ambiente circostante. Per capire, si può paragonare l’intestino sterile del neonato a uno stadio con miliardi di posti a sedere vuoti. Poco dopo la nascita, i batteri iniziano subito a occupare il posto disponibile, lasciando così fisicamente poco spazio a potenziali germi patogeni per instaurarsi e proliferare. Quelli che non riescono a trovare un posto sulla mucosa intestinale, vengono espulsi direttamente. In più i batteri “buoni” consumano buona parte del nutrimento presente nell’intestino, togliendolo quindi a quelli patogeni. La flora batterica intestinale funziona come una barriera difensiva, capace di modificare l’ambiente intestinale e renderlo sfavorevole alla proliferazione degli agenti patogeni, ad esempio con un pH acido. Questa funzione viene esercitata proprio a partire dai primi momenti di vita extra-uterina, quando la flora intestinale inizia a formarsi.

La flora non rimane sempre stabile. Il primo grande cambiamento avviene con lo svezzamento, ossia il passaggio da una dieta a base solo di latte a una più varia con cibi solidi. Allora la flora si adatta e muta, pur mantenendo la sua fisionomia di base. In condizioni normali, infatti, non si modifica in maniera rilevante, anche se la concentrazione delle varie specie che la compongono può temporaneamente variare per effetto di diversi fattori ambientali, fisiologici e patologici. In ogni caso la flora definitiva dell’uomo è costituita principalmente da batteri anaerobi (per esempio Bacteroides, bifidobatteri) che sono molto più numerosi di quelli aerobi (come Escherichia e lattobacilli).

Per il benessere dell’intero organismo è fondamentale l’equilibrio tra le diverse specie della flora batterica. In essa, infatti, sono presenti essenzialmente 3 grandi gruppi:

- batteri nocivi (come Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus, Clostridium, Proteus, Veillonella);
- batteri neutri che diventano nocivi solo in determinate condizioni (Escherichia coli, enterococchi, streptococchi, Bacteroides, Eubacterium);
- batteri buoni (appartenenti ai generi Lactobacillus, Bifidobacterium)